生物工程学科由我校生命科学学院和食品科学与制药工程学院集中优势师资和资源共同建设。本学科紧紧围绕抗冻石榴新品种选育、石榴源中成药物研发，耐旱及保健型特色小麦新品种选育以及果树刺吸式害虫传毒机理及防治等学科方向开展研究工作。目前本学科具有教授3人，副教授9人，博士42人，博士后1人，青檀学者优秀人才3人，具有博士生导师1人，兼职硕士生导师11人，平均年龄35岁。本学科现实际指导博士后1人，在读博士研究生1人，硕士研究生6人。

本学科相关专业办学较长，其中生物技术专业2004年被教育部批准为枣庄学院的首批本科专业，2012年被评为山东省省级特色专业，2013年列为教育部“本科教学工程”地方高校第一批本科专业综合改革试点，生物技术、食品科学与工程、制药工程专业，在2016年被山东省列为“高水平应用型立项建设专业群”，在2019年均列入山东省一流专业建设点。2021年，生物科学专业被列为山东省一流专业建设点。“食品科学与工程”及“制药工程”专业分别于2007年和2011年开始本科招生，毕业生在山东省乃至全国相关行业的发展中发挥着重要的作用。“十二五”期间，“生物学实验室”被评为山东省生物学实验教学示范中心。获得省级教学成果奖二等奖1项。

在科研平台方面，目前本学科具有山东省石榴精深加工工程技术研究中心和山东省石榴资源综合开发工程实验室等省级科研平台2个，枣庄学院泰山学者工作站1个，特用型小麦遗传育种重点实验室等市级重点实验室11个。另外，生物学实验教学中心为省级实验教学中心。目前本学科拥有10万元以上大型仪器50余台套，实验室面积12000平米。

本学科以生物技术与作物遗传改良、植保生物技术、食品工程、制药工程等专业为依托，整合生命科学学院、食品科学与制药工程学院现有资源，培养立足山东省现代农业、食品及制药产业的发展需求，聚焦现代农业、食品及制药产业实用新技术的开发与应用，目前有四个主要研究方向：

（1）生物育种技术：本方向对接高质高效农业及医养健康产业，围绕节水、抗旱、特色功能型小麦新品种的选育开展研究，并进行新品种示范、审定及推广。

（2）植保生物技术：本方向对接现代高效农业产业，围绕石榴、大枣、樱桃等地方特色果树刺吸式害虫和果树病毒病开展刺吸式昆虫灾变规律、生物源农药开发、病毒病传毒机制以及果树有害生物综合防控技术等研究。

（3）功能食品开发技术：本方向面向国家及地方食品工业发展重大需求，对接现代高效农业及医养健康产业，依托地方产业优势，围绕石榴、大枣等本地优势资源开展农产品精深加工及功能食品的研发。

（4）天然药物评价与利用技术：本方向对接医养健康产业，围绕石榴、大枣等地方资源开展中药饮片、天然药物开发，中药新剂型研发等研究。

近五年，本学科承担国家自然基金项目7项、山东省自然基金项目10项，山东省重点研发项目4项。发表高水平论文100余篇，获得授权国家发明专利11项。获得中国产学研合作促进会中国产学研合作创新成果奖优秀奖1项，中国发明协会发明创业奖创新奖二等奖1项，国家林业局梁希林业科技奖二等、三等奖各1项。获得山东省教学成果奖二等奖2项，由本学科成员组成的“现代农业生物技术教师团队”2021年获批山东省第二批“黄大年式教师团队”。